Viện Thủy Lợi và Môi Trường được Bộ Nông Nghiệp và Phát Triển Nông Thôn thành lập theo quyết định số 61/QĐ-BCN-TCCB trên cơ sở vật chất và nguồn nhân lực khoa học của cơ sở 2 trường Đại Học Thủy Lợi tại TP.HCM.
       Thành lập từ năm 1976 với nhiệm vụ Đào tạo - Nghiên cứu khoa học và Phục vụ sản xuất cho các tỉnh phía Nam đến nay Cơ Sở 2 Đại học Thủy Lợi tại TP.HCM đã phát triển qua các giai đoạn.

- Đoàn Quy hoạch và khảo sát thiết kế Nam Bộ (gọi tắt là ĐH1) được thành lập tháng 12 năm 1976 theo quyết định của Bộ Trưởng Bộ Thủy lợi (nay là Bộ NN & PTNT).
- Ngày 8 tháng 12 năm 1986 được đổi tên thành: "Trung tâm kết hợp đào tạo, nghiên cứu khoa học và thực hành KHKT Thủy lợi tại Nam Bộ".
- Ngày 25 tháng 2 năm 1997 đổi tên thành: "Cơ sở 2 Trường Đại học Thủy lợi" theo quyết định số 288NN-TCCB/QĐ của Bộ trưởng Bộ NN & PTNT.

       Các Viện trong trường Đại học được thành lập nhằm phát huy tối đa trình độ, kinh nghiệm của đội ngũ giáo viên, nghiên cứu viên chất lượng cao trong các trường đại học để giải quyết các vấn đề thực tế, gắn kết giữa nghiên cứu khoa học và với thực tiễn và công tác đào tạo. Đây cũng là một trong những giải pháp thực hiện nghị quyết của Chính phủ số 14/2005/NQ-CP ký ngày 02 tháng 11 năm 2005 về đổi mới cơ bản và toàn diện giáo dục đại học Việt Nam giai đoạn 2006-2020.
       Lực lượng cán bộ, giảng viên hiện nay gồm 2 Phó Giáo sư, 4 tiến sĩ, 15 thạc sĩ trong đó hầu hết được đào tạo ở nước ngoài, một số đang tiếp tục theo học các chương trình đào tạo tiến sĩ ở trong và ngoài nước, và nhiều Kỹ sư  lâu năm, nhiều kinh nghiệm. Cơ sở vật chất gồm: nhà làm việc tại địa chỉ số 2 Trường Sa, phường 17, quận Bình Thạnh, Tp.HCM, xe, máy tính, thiết bị văn phòng, thiết bị thí nghiệm, thiết bị khảo sát…Với vốn điều lệ là 3 tỷ đồng.